总的来说， 公积金贷款利率低、限制多、手续慢、额度低；商业贷款利率高、限制少、手续快、额度高。
首先看一张表，以贷款总额为120万（北京的公积金贷款最高额度）、贷款期限30年为例，对比等额本息还款的商业贷款、等额本金还款的商业贷款、公积金贷款的主要差别。最明显能看到的是，公积金贷款的月供只要5222元，比商业贷款（等额本息）的低了1000多元，月供压力小，并且总利息支出也少了好几十万。
所以对购房者来说，在条件允许下，公积金贷款相对来说更划算。
但是如果在需要贷款额度超过120万，并且首付款比较少的情况下，可能还是不得不选用商业贷款。（虽然还可以选择组合贷，就是在公积金贷款上限范围内的部分用公积金贷款，超出部分走商业贷款，但是因为这样办理，流程和手续会更长，绝大多数情况，卖房者不接受。）
下面详细讲述公积金贷款和商业贷款的差别：
区别一、面对的房屋类型不同
住房公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅时使用，除此之外的商办房等类型的房屋是不能申请公积金贷款的；
商业贷款面对的房屋类型较为宽松。
区别二：贷款性质和利率不同
公积金贷款是不以盈利为目的的政策性贷款，利率相对较低。而商业银行贷款是以赢利为目的，利率高一些。
最新的5年以上住房贷款，商贷基准利率为4.9%，而公积金仅为3.25%。
a）首套房基本上都是按照基准利率放贷，部分银行首套房的商业贷款会有10～15%的折扣。
b）二套房的利率基本上是基准利率的1.1倍。
区别三：贷款额度
（感谢阙先生指出原先回答中的以偏概全，只说了北京的情况。已修改）
公积金贷款额度上限，每个城市的上限额度不太一样，比如北京是120万。商业贷款没有明确上限，但是总的贷款额度受限于能开出证明的家庭总收入，通常要求家庭月收入为每月还款额的2倍。可以用这个房贷计算器计算一下，自己的贷款总额和相应的月供金额。
下面以北京为例：
公积金贷款：
购买首套住宅最高可贷8成，最高120万；首套房若为商贷无论是否还清，二套房的公积金贷款最高可贷8成，最高80万。若首套为公积金贷款且未还清则不允许再次公积金贷款。
商业贷款：
首套普通住宅最高可贷6.5成，首套非普通住宅最高可贷6成；二套普通住宅最高可贷5成，二套非普通住宅最高可贷3成。
也就是说，如果你购买的房子所需要的贷款超过了公积金贷款的最高限，超出部分将都是你的首付款；如果此时，你选择商业贷款，那么就没有这个限制。
区别四：贷款年限
总贷款年限不超过30年；贷款人年龄加贷款年限不超过70年。
此外，不同银行和不同城市公积金管理中心规定不同，一般来说商业贷款可以选择的还贷期更长更灵活。可以是等额本金和等额本息两种还款方式，简单来说，等额本息就是每月还款数额是一样的，刚开始还的钱中大部分是利息；等额本金就是刚开始还款金额高，每个月所还的本金是一样的，利息部分会逐渐递减，开始压力很大。
当然，目前各地公积金管理中心对公积金贷款年限和额度的规定并不一样。以北京为例，公积金贷款能贷多久，是根据借款人年龄、房龄，甚至砖混结构还是钢混结构决定。比如：贷款年限加房龄，砖混结构的不超过47年，钢混结构的不超过57年。
区别五：贷款流程
1.公积金贷款
1）市属：
资质审核、房屋核验——网签——评估——面签——初审——签借款合同——缴税——过户——放款——拿房本
2）国管：
资质审核、房屋核验——评估——网签——面签（初审、签借款合同 ）——缴税——过户——放款——拿房本
2.商业贷款：
资质审核、房屋核验——网签——评估——面签/审核——缴税——过户——放款——拿房本——拿尾款
区别六：审批时间
商业贷款大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。
区别七：适用人群
商业房贷针对所有符合条件的社会公众开放（有合法稳定收入、有效身份证明），而公积金贷款则只对公积金缴纳者开放，且要求严格。
公积金贷款的条件：
1.住房公积金开户一年以上，并连续缴存12个月；
2.仍在“缴存状态”；
3.没有未结清的公积金贷款或政策性贴息贷款。
除此之外，还有两种情况也可以申请公积金贷款：离退休职工或翻修房屋。
区别八：贷款来源
商业贷款放款源头的来源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缉费者缴纳的资金。
区别九：审批机构
商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行；公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
区别十：利息用途
商业房贷的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
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