东方明珠通过直接持有上海垣信卫星科技有限公司4%的股份，间接持有卫星公司股份。根

东方明珠通过直接持有上海垣信卫星科技有限公司4%的股份，间接持有卫星公司股份。根据提供的信息，东方明珠新媒体股份有限公司直接持有垣信卫星4%的股份，当前价值为10.6亿。此外，垣信卫星的估值至少为265个亿，这表明东方明珠在这笔投资中的价值显著。更进一步，通过追溯投资路径，可以发现东方明珠当初以8000万的成本获得了上海信投21.33%的股份，而上海信投直接持有垣信卫星20.5%的股份，这意味着东方明珠通过这笔投资获得了至少几十倍的投资回报1。
综上所述，东方明珠确实间接持有卫星公司的股份，并且这笔投资为其带来了显著的财务回报。