$超图软件(SZ300036)$  超图软件毛利率高但净利润低的主要原因包括以下几点：

组织变革的影响：公司年初进行了组织架构变革，整合了原独立运营的4个并购子公司，以提升公司整体竞争力和盈利能力。这种变革导致上半年新签订单大幅下滑，尤其是第一季度，签单大幅下滑。由于签单到交付验收需要两至三个季度，组织架构变革对三季度业绩产生了较大影响，导致三季度收入同比下降1。

应收账款体量大：公司应收账款体量较大，当期应收账款占最新年报归母净利润比达590.48%。这增加了公司的财务压力和坏账风险，影响了公司的现金流和净利润2。

期间费用高：公司的销售费用、管理费用、财务费用总计占营收比高达40.19%，同比增21.64%。这导致公司的净利润率较低，尽管毛利率较高，但期间费用较高，影响了最终的净利润2。

商誉减值和坏账计提：公司在2023年进行了商誉减值和坏账计提，导致净利润低于预期。商誉减值1509万和坏账计提超出预估1.2亿，影响了公司的净利润3。

市场开拓受阻：疫情期间，市场开拓、项目实施及交付受阻，尤其是上海子公司近3个月基本处于停滞状态，项目周期拉长，验收进度大幅延迟，用户政府采购进度延迟，这也影响了公司的净利润4。

毛利率高的原因：

销售毛利率较高：公司的销售毛利率为61.45%，同比上升7.67%。这表明公司在产品或服务的附加值较高，能够在市场上保持较高的价格优势2。

未来展望：

组织架构变革的长期影响：尽管短期内组织架构变革对业绩有负面影响，但整合后的竞争力和盈利能力将在第四季度和明年逐步显现。公司对未来发展充满信心，认为短期的阵痛将换取长期发展的组织能力提升1。

市场恢复预期：随着市场环境的逐步恢复，公司有望在第四季度和明年逐步改善业绩，提升整体盈利能力1。