甜瓜的枝杈分生能力十分强，长到一定的阶段就必须进行整枝打杈管理，否则旺盛生长的无效枝蔓会白白消耗掉苗株体内的大量养分，而茎蔓叶的营养生长同时还会影响花果的生殖生长，不仅会导致甜瓜花果期推迟、开花坐果少，而且坐果后果实会因为营养供应不足而发育不良或个小味差；同时且密集生长的茎蔓会造成苗株上的枝叶重叠、互相遮光，田间因透风透光环境差、湿度过大，也更容易诱发各类病菌害虫的滋生。
甜瓜打杈的时间，一般在苗株长到8-10叶时即可开始进行，每3-5天就要打杈1次。打杈的时间不可过早，也不可过晚，打杈过早，会影响甜瓜根系的生长发育和养分的积累，而打杈过晚，打杈前苗株体内的养分已经被杈子生长白白消耗，打杈的效果会大幅降低，大多结合整枝选蔓留枝进行。
在甜瓜的整枝方法上，常用方法主要有单蔓整枝、双蔓整枝等。
所谓单蔓整枝，就是在苗株上选留4-5节以上的中部子蔓做结瓜枝，并对子蔓在瓜前保留2-3叶进行摘心。
所谓双蔓整枝，就是在主蔓长到4-5叶1心时进行打尖，并在基部留2条子蔓进行吊蔓，每条子蔓留1个瓜，并对子蔓上的孙曼选留2条，并对孙曼留3叶进行摘心。此法在棚室甜瓜和棚室吊蔓甜瓜上应用的比较多。
在进行甜瓜整枝打杈时，应当在晴天上午叶片露水风干后进行，不可在阴雨天气时进行整枝打杈，否则容易造成伤流过大、病菌侵染伤口，整枝打杈后要立即喷打边广谱性的杀菌剂，以防发生病害；另外，在整枝打杈时要尽早，可以在甜瓜坐果前3天左右时进行整枝打杈，要注意瓜前留2叶，不可全部摘光。
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