跨境通是有国有持股的。2019年，跨境通的实际控制人杨建新、樊梅花夫妇及新余睿景

跨境通是有国有持股的。
2019年，跨境通的实际控制人杨建新、樊梅花夫妇及新余睿景与广州开发区新兴产业投资基金管理有限公司（新兴基金）签署了《股份转让协议》及《表决权委托协议》。杨建新、樊梅花夫妇拟将其合计持有的公司部分股份协议转让给新兴基金，同时杨建新夫妇与新余睿景将剩余持有的部分股份对应的表决权等权利委托新兴基金行使。交易完成后，新兴基金成为公司单一拥有表决权份额最大的股东。而新兴基金的控股股东是广州开发区产业基金投资集团有限公司，实控人是广州开发区管委会。所以跨境通具有国资背景。
截至2024年7月22日，广州开发区新兴产业投资基金管理有限公司仍持有跨境通1.32亿股，持股占流通股比8.47%。