平陆运河是我国历史上规模最大的江海连通工程，连通西江黄金水道和北部湾国际门户港。关于平陆运河建设，自治区党委、政府提出：“通江达海、整体规划、一次建成、系统运行”。平陆运河建成后要实现“系统运行”，保障西江、平陆运河、北部湾港协同、安全、有序、高效运营，激发江、河、海三者乘数效应，运河是基础，运河两端是关键。要同步推进运河两端的江海联运工程建设，创新船闸、港口、船舶管控服务手段，构建高效衔接的平陆运河江海联运体系。
持续建设世界一流港口基础设施，不断提升大吨位散货海轮接卸能力和效率。以《西部陆海新通道北部湾国际门户港基础设施提升三年行动计划（2023—2025）》为抓手，以大型化、专业化、绿色化、智慧化为目标，持续建设世界一流港口基础设施。推进防城港赤沙作业区1号泊位、2号泊位、企沙南作业区30万吨级大型散货码头等工程建设，解决大吨位散货海轮停靠、接卸问题。推进作业、管理、服务一体化智慧港口建设，塑造发展新动能。推进钦州、北海、防城港三港支线驳船和港口拖轮电动化试点示范，港口装卸设备电动化改造，提升清洁能源使用比例；研发、应用环保长效防腐涂料，延长港口起重设备等金属结构防腐周期和使用寿命，建设绿色低碳港口。
科学布局建设北部湾港江海联运作业区，形成高效衔接的江海联运海港作业能力。根据部署，北部湾港集团组织完成了平陆运河江海联运作业区建设方案研究。按照“效率优先、国内一流、建改结合、能力匹配、适度超前”的原则，形成了“一港三域七组团”北部湾港平陆运河江海联运作业区布局建设方案。“一港三域”即北部湾港、钦州港域、防城港域、北海港域。“七组团”即钦州港域勒沟作业区和果子山煤炭、矿石及通用散杂货江海联运作业区，大榄坪粮食江海联运作业区，大榄坪南作业区北部汽车滚装江海联运作业区，大榄坪南作业区南部集装箱江海联运作业区，大环通用江海联运作业区5个组团；防城港域渔澫港区第四作业区通用江海联运作业区；北海港域铁山西港区北暮江海联运作业区。通过改造旧的码头泊位和建设新的泊位，“七组团”分期建成后可满足不同时期江海联运运量预测需求。
创新性建设海侧智慧锚泊地，满足大量内河船舶在钦州港域安全停靠的需要。平陆运河建成通航后，大量内河船舶将通过青年枢纽进入钦州港域进行江海联运换装作业，海侧锚泊地的位置和容量直接影响内河船舶安全停泊以及江海换装效率。青年枢纽以下航段以及钦州港域停泊条件复杂，受潮汐、风、浪、流以及淤积等因素影响，可选择作为内河船舶停泊锚地的水域十分有限，或者是锚地建设成本巨大。需要综合风、浪、流、淤积、距离等因素，创新性建设智慧锚泊地。通过研发基于北斗高精度定位的时空监测、预报技术，精准监测、动态预报风、浪、流、潮位以及水深，运用数字技术，划定不同时段、不同水深的“水上停车场”，根据船舶吃水和计划停靠时长分区调度船舶停泊，保障内河船舶安全停泊，解决锚泊地容量受限或者建设成本过高问题。
钦州港域增建内河驳船航道，扩建海船深水航道，满足船舶大密度安全航行以及江海联运海轮进港靠泊需要。不同于长江口和珠江口江海联运区域分散分布在众多港域、港区，平陆运河江海联运作业区高度集中在钦州湾相当A级航区港域。按江海联运货运量1年1亿吨初步测算，进出钦州港域的海船、内河船舶数量将达到2023年钦州港进出港船舶数量的3至4倍，船舶密度很大，并且是海轮、江船交织航行。为保障大密度船舶安全高效航行，需要在大榄坪南作业区至勒沟作业区航道南侧建设内河船舶专用航道。另外，为满足部分旧码头泊位等级提高后的通航需求，需要对钦州港域部分进港航道进行扩建提级。
开展西江内河港口平陆运河江海联运适应性改造和建设，满足平陆运河江海联运江侧需要。平陆运河开通后，西江中上游内河港口货运需求将会出现跳跃式发展，同时将有大量5000吨级内河船舶以及江海直达船舶在西江内河港口进行装卸或者“水—水”中转作业。目前西江内河主要港口靠泊吨位等级普遍1000吨级至3000吨级，为此，北部湾港集团对西江内河港口从靠泊吨位等级和能力两个方面进行了平陆运河江海联运适应性研究。根据研究成果，西江大部分港口作业区均需要进行改造，经改造后可适应平陆运河船型靠泊作业。近期，在推进旧码头适应性改造和在建内河港口建设的同时，重点推进平塘江口新作业区建设，可满足平陆运河开通后一定时期内江海联运需求。
研发绿色智慧标准化平陆运河示范船，满足平陆运河绿色高效通航需要，增强向海经济服务能力。绿色化、智慧化是内河船舶升级换代的方向。船舶主尺度标准化是充分利用船闸闸室水面面积，提升船闸过闸效率的关键因素。江海直达船舶则能增强向海经济的服务能力。根据平陆运河绿色智慧标准化船型研究成果，目前确定了相当A级航区5000吨级和江海直达船舶示范船的主尺度和清洁能源形式，形成了船舶设计初步方案。在推进示范船研发、建造的同时，尚需要尽早出台清洁能源动力船舶优先过闸等政策，提前释放政策风向标，引领内河船舶升级换代，鼓励建造江海直达船舶，增强服务向海经济能力。
建设西江运河北部湾港一体化调度管控与服务综合信息平台，保障船舶安全通行，提升江海联运和多式联运效率。平陆运河建成后，西江、运河、北部湾港连成一体。大量的内河船舶航行于西江、运河、北部湾港，在钦州港域，内河船舶、海轮高频度交织航行，对船舶安全、有序通行提出了极高要求。我区多式联运方式则变成了西江、运河、海港、铁路、公路高度融合的多式联运。为适应我区水运物流运营格局新变化，北部湾港集团开展了西江—运河—北部湾港一体化调度管控与服务综合信息平台建设方案研究，提出了统筹建设“两系统、一平台”综合信息平台方案，“两系统”即西江运河船闸群联合调度系统和港口联合调度系统，“一平台”即西江、运河、海港、铁路、公路多式联运综合物流信息平台（简称：综合物流信息平台），对西江和平陆运河船闸群进行联合调度集中管控，实现西江、运河、海港、铁路、公路物流信息融合，构建“一站式”服务平台，提升多式联运便利性和综合效率。
对标平陆运河建设方案，高标准推进西江黄金水道升级版建设，让平陆运河主力船型在西江走得更远、更通畅。平陆运河是新时代内河水运工程建设的标杆工程，西江黄金水道升级版建设要对标平陆运河建设方案，重点推进三大工程建设，实现与平陆运河“同标”发展，让3000吨级、4000吨级、5000吨级运河主力船型在西江走得更远、更通畅。一是实施过闸繁忙船闸过闸效率提升工程建设，缓解船舶过闸压力。梧州长洲枢纽船闸（共四线船闸），通过研发船闸人字门新型防撞装置和实施积分制过闸管理办法等措施，船闸过闸效率提升了约20%，通过能力相应增加了20%，相当于增加了两座千吨级船闸的通过能力，边际效益显著。二是推进西江骨干航道提级工程建设，延伸平陆运河主力船型通达范围。要根据货流密度以及平陆运河建成后运输需求预测，有序推进左右江、柳黔江、红水河下游航道提级工程建设，让平陆运河主力船型直达范围从南宁、贵港、梧州拓展到崇左、百色、来宾、柳州。三是推进繁忙船闸扩能工程建设，破除通航瓶颈。目前，黔江大藤峡船闸、右江金鸡船闸、郁江老口船闸、西江长洲船闸均已处于繁忙或者饱和运行状态，要根据船闸运行的饱和程度以及平陆运河建成后货运需求预测，加快推进目前以及可预见的碍航瓶颈船闸扩能工程建设，保障船舶畅通过闸。