控股股东占用资金在退到新三板后仍需偿还。退到新三板并不意味着公司破产，股东仍然享有原有的股份，可以按照原有的协议进行分红或者变卖。如果公司没有破产，股东不需要另行赔偿。然而，如果公司破产，资产将按照破产程序进行清算，清算过后进行偿还，偿还之后仍有剩余的，按照股东股份进行分发12。
此外，大股东占用资金的行为是违法的，即使公司退市，大股东仍需承担还款责任。大股东作为公司的股东，占用公司资金的行为构成了对公司的债务，因此即使公司退市，大股东也不能逃避法律的制裁