南京高科投资南京银行的过程如下：

- 早期战略入局 ：2000年，南京高科以2.03亿元自有资金参与南京银行首次增资扩股，获配约2.05亿股，占股20%，成为仅次于南京财政局的第二大股东。2001年，因南京银行实际增资扩股数比原定方案有所增加，南京高科追加投资233.2万元，受让220万股，持股比例保持20%。
- 配股与增持 ：2010年，南京高科以自有资金全额认购南京银行配股方案中本公司可配股份，预计可配股份不超过5130万股，投资总额不超过6亿元。2019年8月，南京高科计划于2019年8月6日至2020年4月30日期间，以自有资金不超过8亿元增持南京银行A股股份。截至2020年4月30日，累计增持4863.37万股，增持金额3.94亿元。2020年5月6日，继续增持4729.58万元。
- 认购可转债与转股 ：2021年6月，南京银行公开发行200亿元可转债，南京高科出资10亿元认购，初始转股价格为10.10元/股。此后，南京高科多次以可转债转股的方式增持该行股份，2024年以可转债转股的方式合计增持南京银行股份5368万股。
- 应对股权稀释的增持 ：2025年7月，因南京银行“南银转债”转股导致总股本扩容，南京高科持股比例被动稀释至8.94%。随后，南京高科于7月24日至8月4日，以自有资金通过集中竞价增持750.8万股，耗资约5770万元，持股比例回升至9%。